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智能迷宮助力行為學(xué)研究

作者:張潔 編譯
來源:公眾號/生物360
日期:2018-03-14 09:34:29
摘要:自動化的“智能迷宮”解放了行為學(xué)研究者,讓他們不用再進行繁瑣的小鼠迷宮實驗。同時,智能迷宮還提高了數(shù)據(jù)質(zhì)量和可重復(fù)性。

智能迷宮助力行為學(xué)研究

  自動化的“智能迷宮”解放了行為學(xué)研究者,讓他們不用再進行繁瑣的小鼠迷宮實驗。同時,智能迷宮還提高了數(shù)據(jù)質(zhì)量和可重復(fù)性。

  在讀研究生時,行為神經(jīng)科學(xué)家 Mark Brandon 經(jīng)常耗費數(shù)小時展開小鼠 T 迷宮實驗。在該迷宮中,小鼠沿著一條線路行走,然后在路口處選擇左拐或右拐。該實驗非常有用,但也極度無聊。所以,當(dāng)他拿到加拿大麥吉爾大學(xué)(McGill University)的教職時,Brandon 想要開發(fā)一項新技術(shù),以擺脫這項乏味的實驗。

  他從馬薩諸塞州一家初創(chuàng)公司 MazeEngineers 處購買了一個自動化的 T 迷宮。該系統(tǒng)除了一個簡單的迷宮之外,還有一扇門,嚙齒動物經(jīng)過時,這扇門會從底部升起來,防止動物倒退。同時,該迷宮還自帶視頻監(jiān)控,以記錄動物的行為。一旦嚙齒動物完成一項任務(wù),迷宮就會將動物引導(dǎo)回起點。Brandon 等人希望通過分析在這些測試中動物的哪些神經(jīng)回路是活躍的,來揭示大腦如何將記憶與時間聯(lián)系起來。Brandon 表示,自動化的 T 迷宮非常有用。

  今天,這樣的自動化系統(tǒng)已經(jīng)變得越來越普遍和復(fù)雜。美國國家糖尿病和消化和腎病研究所(US National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases)的神經(jīng)科學(xué)家 Alexxai Kravitz 指出,很多先進的技術(shù),如觸摸屏和微控制器都開始進入行為研究實驗室了。但是盡管這種迷宮實現(xiàn)了自動化,但仍然需要人工來確保這些工具正常運行。

  研究人員利用迷宮測試動物的精神特征,如記憶力和注意力。在二十世紀的大部分時間里,科學(xué)家們利用迷宮實驗,讓嚙齒動物沿著精細的路徑,探索精神極限。 MazeEngineers 創(chuàng)始人 Shuhan He 表示,現(xiàn)在的設(shè)置相當(dāng)簡單,這使得結(jié)果更易于被納入統(tǒng)計分析。對他來說,迷宮就是關(guān)于決策和結(jié)果——測試認知的關(guān)鍵方面。但是,由于研究人員越來越希望在每個實驗中增加實驗動物的數(shù)量,并盡可能多地收集行為數(shù)據(jù),自動化已是大勢所趨。

  在 20 世紀 90 年代,科學(xué)家們首次使用視頻跟蹤來監(jiān)測嚙齒動物的行為,這包括從用計算機識別動物重心,到識別簡單的行為,例如嚙齒動物尋找或避免特定的刺激?,F(xiàn)在,只需追蹤頭部和身體的其它部位,軟件就可以識別出微小的行為,如嗅探、整理皮毛和排尿。后來追蹤果蠅和斑馬魚等動物的行為的儀器也相繼問世。

  伊利諾伊大學(xué)厄巴納 - 香檳分校(University of Illinois in Urbana–Champaign)的行為神經(jīng)科學(xué)家 Justin Rhodes 支持,現(xiàn)在你可以開始一個程序,在迷宮中自動追蹤動物,并在動物完成任務(wù)后立即獲得數(shù)據(jù),并進行分析。Rhodes 的研究方向是探討運動對大腦的影響。

  自動化模式還有望通過減少人類在實驗中的作用,來提高實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性和客觀性。它可提供標(biāo)準(zhǔn)化的設(shè)備和任務(wù),以便研究人員直接比較他們的結(jié)果。

  MazeEngineers 的小鼠自動化 T 迷宮售價是 4900 美元起。事實上,提供自帶視頻的迷宮及相關(guān)軟件的公司日益增多,比如弗吉尼亞州的 Clever Sys、荷蘭的 Noldus 等公司。Rhodes 最青睞 Clever Sys 的 HomeCageScan 系統(tǒng)(四個迷宮大約 5.5 萬美元),因為該系統(tǒng)能夠追蹤多個動物。對此,他表示這很重要,畢竟有時候幾只小鼠會團在一起。俄亥俄州辛辛那提大學(xué)(University of Cincinnati in Ohio)的行為神經(jīng)科學(xué)家 Evelin Cotella 則更喜歡 Noldus 的 EthoVision 軟件(軟件版費為 5850 美元),因為它對用戶更友好。

  但這并不意味著智能迷宮系統(tǒng)效果很好。Rhodes 指出,科學(xué)家通常不得不調(diào)整包括照明和視覺對比在內(nèi)的各種參數(shù),以使視頻跟蹤軟件發(fā)揮作用。而且,在使用前,他們還要測定系統(tǒng)在識別行為方面的準(zhǔn)確程度。Cotella 表示,盡管系統(tǒng)確實不完美,但讓人來做這些事情,也不是完美的,與人相比,起碼軟件前后是一致的。

  Cotella 的團隊不得不比較系統(tǒng)與研究人員在識別動物行為上的準(zhǔn)確度。同時,團隊還必須優(yōu)化參數(shù),例如確認每個視頻中有多少個像素點是靜止的,才算是小鼠“停止活動”。Cotella 指出,他們花了 6 個月來調(diào)試,才對系統(tǒng)的輸出結(jié)果放心。他們購買這個系統(tǒng)有一年了,并打算在下個月開始發(fā)表研究報告。智能迷宮確實加快了 Cotella 等人的實驗進度。

  德國 TSE Systems 公司的 IntelliCage 使用皮下射頻識別(radio-frequency identification,RFID)標(biāo)簽追蹤動物運動。據(jù) TSE 科學(xué)家 Daniela Oettler 解釋,相比于視頻識別,RFID 不受光線影響,甚至可在完全黑暗中運行。

  IntelliCage 適用于各種傳統(tǒng)的實驗室籠子。它的四個角落都有一些傳統(tǒng)迷宮會出現(xiàn)的測試——例如,一個角落可能有難聞的氣味,而其它角落則沒有。用戶可以對各個角落進行分別設(shè)置,讓其只對特定動物作出反應(yīng),以便讓不同的嚙齒動物進行不同的測試。

  IntelliCage 系統(tǒng)售價為 6 萬美元,可容納 16 只小鼠。瑞士蘇黎世大學(xué)(University of Zurich)的行為神經(jīng)科學(xué)家 David Wolfer 指出,能容納多只小鼠是 IntelliCage 的一個優(yōu)點,因為小鼠是社會動物。將小鼠們放在一起有助于降低壓力,而壓力是數(shù)據(jù)波動的來源。Wolfer 表示,因為 IntelliCage 采用的是 RFID 標(biāo)簽技術(shù),所以它能識別的行為比視頻追蹤系統(tǒng)要少。例如,它無法檢測到動物何時抬起它的后腿。但是 Oettler 指出,視頻分析在解讀結(jié)果方面更易引入觀察者偏差。

  觀察進食行為

  行為科學(xué)家還給膳食監(jiān)測引入了自動化模式。例如,Kravitz 通過跟蹤小鼠食物攝入量和活動水平來調(diào)查肥胖癥。但是,因為小鼠吃得很少,所以測量中即使是微小的錯誤都可能導(dǎo)致結(jié)果不準(zhǔn)。此時,自動化就有優(yōu)勢了。

  諸如新澤西州的 Research Diets 和內(nèi)華達州的 Sable Systems International 等公司的自動化硬件使用微型電子秤來測量每只動物的視頻攝取量。但系統(tǒng)使用的標(biāo)簽價格較貴,因此不利于開展大規(guī)模試驗。所以 Kravitz 等人開發(fā)了一種開源替代品:喂食實驗裝置(Feeding Experimentation Device, FED)。

  為了適應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)籠子,F(xiàn)ED 使用動物的 RFID 標(biāo)簽來記錄其行為,每當(dāng)小鼠被拿走食物顆粒時會被記錄該行為。每臺設(shè)備的成本大約為 350 美元,不到商用系統(tǒng)價格的十分之一。

  相應(yīng)的指令可以在 OpenBehavior——一個由 Kravitz 共同創(chuàng)立的、致力于開源行為科學(xué)項目的網(wǎng)站——上找到。但是,Kravitz 提醒,如果系統(tǒng)出現(xiàn)技術(shù)問題,就得研究人員自行修理。你自己搭建系統(tǒng),造價便宜,但究竟有多便宜,則完全取決于你花了多長時間在它身上。

  鼠類 iPad

  在加拿大倫敦西部大學(xué)(Western University),認知神經(jīng)科學(xué)家 Tim Bussey 和 Lisa Saksida 開發(fā)了包含觸摸屏的房間,研究人員可以使用這些房間對嚙齒類動物進行 20 種左右的認知任務(wù)測試,包括記憶、學(xué)習(xí)、注意力,甚至賭博。

  Bussey 指出,這就像為大鼠和小鼠準(zhǔn)備了一臺 iPad,其主要區(qū)別在于,人是用手指點擊屏幕,而鼠會將它們的鼻子放在屏幕上。成功完成一項任務(wù),系統(tǒng)內(nèi)置的食物分配點會流出一些草莓奶昔。

  觸摸屏自帶英國拉夫堡的 Campden Instruments 公司和印第安納州的 Lafayette Instrument 公司的預(yù)編程。Bussey 表示,另外,研究人員可以使用名為“動物行為環(huán)境測試系統(tǒng)”(Animal Behavior Environment Test System)的軟件來編寫自己的任務(wù)。

  由于這些任務(wù)是標(biāo)準(zhǔn)化的,所以在研究中使用這些設(shè)備的 Brandon 指出,他們可以對跨實驗室,甚至跨物種的數(shù)據(jù)進行比較。其目的是將來自許多實驗室的信息放置在一個數(shù)據(jù)庫中,以便學(xué)界能夠在特定任務(wù)期間分辨整個大腦結(jié)構(gòu)中的神經(jīng)元的活動。通過這種方式來收集的數(shù)據(jù)量大到難以想象。

  不僅如此,數(shù)據(jù)量還在不斷增加。Brandon 現(xiàn)在將觸摸屏室與開源“miniscopes”耦合,使用熒光成像記錄自由移動小鼠的神經(jīng)活動。每個顯微鏡成本約 500 美元。他指出,這些研究室甚至可以與光遺傳學(xué)相結(jié)合,這樣就可以使用光來操縱神經(jīng)活動。

  一些公司正在進一步開發(fā)自動化模式,采用全自動化的飼養(yǎng)室,進行全天候的監(jiān)測。這樣的系統(tǒng)可以用于多種研究,例如研究藥物對動物的行為影響。例如,TSE 的 PhenoWorld 系統(tǒng)飼養(yǎng)了幾只 RFID 標(biāo)記的大鼠和小鼠,以進行迷宮等試驗。該系統(tǒng)同時記錄動物的代謝和其它特征;Oettler 表示,監(jiān)控這些大、小的系統(tǒng)成本可能達到 80 萬美元。

  同樣,MazeEngineers 的研究人員正在構(gòu)建“迷津園(Labyrinth)”——一個多達 25 個模塊的網(wǎng)格,可以配置成 20 多個自動迷宮。嚙齒動物的籠子可以連接到迷津園的邊緣,并自動讓動物進出。

  如果這變成現(xiàn)實,迷宮可能會從科學(xué)工具變成“科學(xué)家”,自行開展試驗。